Rafał Deja jest lekarzem medycyny oraz menedżerem z ponad 30-letnim doświadczeniem w sektorze ochrony zdrowia, zarządzaniu podmiotami leczniczymi oraz administracji publicznej.
Ukończył Wydział Lekarski Śląskiej Akademii Medycznej w Katowicach. Jest absolwentem studiów MBA realizowanych przez University of Teesside oraz Akademię Ekonomiczną w Krakowie. Kształcił się również w Conservatoire National des Arts et Métiers oraz École Nationale d’Assurances w Paryżu. Uczestniczył w European Healthcare Leadership Programme organizowanym przez INSEAD we Francji.
Karierę zawodową rozpoczął jako lekarz, następnie zajmował stanowiska kierownicze w sektorze ochrony zdrowia oraz przemyśle farmaceutycznym. W latach 1994–1997 był przedstawicielem naukowym Eli Lilly Poland. Następnie pełnił funkcje dyrektorskie m.in. w Uzdrowisku Inowrocław oraz Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie. W latach 2002–2004 kierował Małopolską Regionalną Kasą Chorych oraz Małopolskim Oddziałem Wojewódzkim Narodowego Funduszu Zdrowia, odpowiadając za kształtowanie polityki zdrowotnej regionu oraz zarządzanie jednym z największych budżetów publicznych w sektorze ochrony zdrowia.
Od ponad dwudziestu lat jest współwłaścicielem i zarządzającym grupą placówek medycznych SpecjalDent oraz NZOZ Białoprądnicka, rozwijając działalność w zakresie stomatologii, psychiatrii, leczenia otyłości oraz badań klinicznych.
Jest autorem publikacji z zakresu zarządzania ochroną zdrowia oraz wykładowcą w obszarze organizacji i zarządzania w systemie ochrony zdrowia. Przez wiele lat pełnił funkcje w organizacjach branżowych i samorządowych związanych z ochroną zdrowia.
Posiada bogate doświadczenie w zarządzaniu organizacjami medycznymi, budowaniu strategii rozwoju, nadzorze nad jakością świadczeń zdrowotnych oraz współpracy z administracją publiczną, nadzorze korporacyjnym.
Posiada uprawnienia do zasiadania w radach nadzorczych spółek z udziałem Skarbu Państwa, potwierdzone zdaniem państwowego egzaminu, oraz jest wpisany na listę kandydatów na członków rad nadzorczych spółek z udziałem Skarbu Państwa.