Marcin Wątkowski jest związany z Biotonem od 1998 roku, kiedy rozpoczął pracę w Dziale Technicznym na stanowisku Specjalisty. W ciągu ponad piętnastu lat w Biotonie pełnił rozmaite funkcje m.in. Specjalisty, Kierownika Działu Przygotowania i Realizacji Inwestycji czy Zastępcy Dyrektora Działu Technicznego a następnie Dyrektora Działu Technicznego.
W czasie swojej kariery w BIOTON S.A., na różnych stanowiskach, brał udział w budowie infrastruktury BIOTON S.A. w Macierzyszu (Biotechnologia i Formy Sterylne), Duchnicach (Sterylne Proszki) i Orle (RU)(Formy Sterylne).
Pracował w Polpharmie S.A. i Polpharmie Biologics S.A gdzie był odpowiedzialny za inwestycje i utrzymanie ruchu. Przeprowadził z sukcesem projekt budowy i uruchomienia wytwórni biotechnologicznej (MAB) w Duchnicach, która uzyskała certyfikat FDA.
W czasie pracy w HTL STREFA S.A zajmował się prowadzeniem projektów w branży urządzeń medycznych.
Obecnie pełni rolę Dyrektora Technicznego odpowiedzialnego za Utrzymanie Ruchu i CAPEX.
Marcin posiada tytuł magistra inżyniera w mechanice uzyskany na Politechnice Warszawskiej.